Чистота и гигиеничность биотуалетов прежде всего зависит от их правильного обслуживания. На сегодняшний день с ростом популярности их использования растет и количество компаний предлагающих такие услуги как установка и обслуживание био туалетов. В зависимости от вида туалета немного отличается и его обслуживание. Если компактные модели для домашнего пользования можно легко очищать вручную, то обслуживание био туалетов расположенных на улице требуют обязательного заказа ассенизаторской машины. Именно с ее помощью производится откачка содержимого фекального бака на момент его максимального наполнения. После того как бак оказывается пуст, в него заливают воду и реагенты. В зависимости от частоты использования, обслуживание био туалетов производится как ежедневно, так и раз в неделю. При этом помимо откачки содержимого, осуществляется еще и периодическая косметическая чистка самой кабины. От качества произведенных работ зависит комфорт использования биотуалета.